با تاییدات حضرت ولی عصر(عج ) و در ادامه فعالیت های حضرت آیت الله جلالی خمینی به عنوان نماینده ی حضرت امام (ره) در شرق تهران جلسات علما و روحانیون به صورت هفتگی تشکیل و با تاسیس حوزه علمیه، دروس حوزه تحت سرپرستی ایشان همگام با حوزه های علمیه قم برگزار می شود. لازم به تذکر است علیرغم عدم تخصیص هیچ گونه بودجه ای از سوی سازمان ها، و ارگان های ذیربط، حوزه علمیه ایشان از تمامی مزایا و امکانات مورد تایید حوزه علمیه قم برخوردار است و با تاسیس مجتمع پژوهشی حوزه در سال ۱۳۸۶ پژوهشکده ای برای پاسخ به سؤالات و شبهات دینی جوانان برقرار شده است و همچنین امکان استفاده از کتاب خانه های مستقل این مجتمع برای خواهران و برادران برقرار گردیده است.
نظام آموزشی این حوزه، به همان سبک و روش حوزه علمیه قم است. دروس مقدمات و سطح برقرار است اخیرا هم درس خارج شروع شده است و قرار است به امید خدا دروس عمومی در حوزه دایر گردد.
آیت الله جلالی خمینی درباره توسعه و اداره حوزه علمیه این چنین می گوید: “فضای مسجد در بدو ورود من کوچک بود که با حیاط ۵۰۰ متر بود کی طی این سال ها مسجد را از نظر فیزیکی توسعه دادیم. الان مسجد نزدیک به ۱۷۰۰ متر مربع است و حوزه علمیه ای را نیز در کنار مسجد ساختیم که طبقه بالای آنجا را تبدیل به چندین کلاس برای درس دادن طلبه ها کردیم.
روی حسینیه مکتب الحسین را نیز اتاق های ساختیم و در اختیار طلبه های شهرستانی که جایی برای سکونت ندارند قرار دادیم. در حال حاضر حوزه علمیه مسجد احمدیه ۲۰۰ طلبه و ۲۰ استاد دارد.
ضمن اینکه من از فرزندانم حاج آقا رضا و حاج آقا مهدی هم دعوت کردم که برای تدریس برخی دروس حوزه از قم به تهران بیایند و آنها هم قبول کردند. دیگر برای من اداره مسجد، مسئولیت حوزه و درس دادن سنگین شده بود از این رو از فرزندانم خواستم که برای کمک به تهران بیایند. الان آنها در حوزه کفایه، مکاسب و اصول درس می دهند. تا پیش از این طلبه ها پایه ۱۰ را که تمام می کردند نیاز بود برای درس خارج اصول و فقه به قم یا حوزه های دیگر بروند اما در حال حاضر فرزندانم این درس ها را نیز در حوزه می گویند.
از حدود دو سال پیش هم به دلیل مشکلات جسمی امکان حضور در نماز جماعت مسجد برایم میسر نبود، که حجت الاسلام والمسلمین آقایان حاج رضا و حاج مهدی (فرزندانم) اقامه جماعت در مسجد احمدیه را انجام می دهند. با این حال خودم روزهای سه شنبه برای درس اخلاق طلبه ها و چهارشنبه شب ها هم برای عموم مردم در مسجد جلسه درس اخلاق دارم و در عین حال ارتباطم با مردم قطع نشده و پیگیر مراجعات آنها هستم و هر موقع به مناسبت های مذهبی که لازم باشد در مسجد حضور می یابم.”
به حول قوه الهی حوزه علمیه حضرت ایت الله جلالی خمینی تحت اشراف حضرات ایات حاج محمدرضا و حاج مهدی جلالی خمینی کما فی السابق مشغول پرورش طلاب مستعد می باشد
من الله التوفیق